Publié au Journal officiel du 31 juillet 2026, le décret n° 2026-705 du 29 juillet 2026 relatif aux congés pour raisons de santé des agents publics civils et militaires modifie sensiblement les règles applicables aux arrêts maladie, à leur contrôle et au temps partiel thérapeutique.

Le texte concerne un champ particulièrement large : fonctionnaires et contractuels des trois versants de la Fonction publique, ouvriers de l’État, stagiaires, magistrats et militaires. Il transpose notamment aux agents publics plusieurs règles applicables aux salariés du secteur privé en matière d’arrêt de travail.

Arrêts maladie : de nouvelles règles applicables aux agents publics

Le décret rapproche tout d’abord les règles de la Fonction publique de celles applicables aux salariés en matière d’arrêt de travail.

Il prévoit notamment :

• l’utilisation du certificat d’arrêt de travail sécurisé et la possibilité de dématérialiser l’avis d’arrêt ;
• le plafonnement de la durée des arrêts prescrits, selon les règles prévues par le code de la sécurité sociale ;
• l’application des règles relatives à la prolongation des arrêts de travail : le maintien de la rémunération est conditionné au respect des conditions de prescription de cette prolongation ;
• de nouvelles obligations relatives à la présence de l’agent pendant son arrêt.

Les congés de longue maladie (CLM) et de longue durée (CLD) pourront par ailleurs être accordés ou renouvelés, dans la limite de six mois, sur présentation d’un avis d’arrêt de travail répondant aux nouvelles conditions.

Un contrôle administratif de l’arrêt maladie

C’est l’une des évolutions les plus significatives du décret.

L’administration pourra désormais faire procéder à un contrôle administratif de l’arrêt de travail, réalisé par une personne habilitée. Ce contrôle pourra concerner les fonctionnaires placés en congé de maladie ordinaire, mais également en congé de longue maladie ou de longue durée.

Il aura pour objet de vérifier la présence de l’agent à son domicile ou sur son lieu de repos lorsque les sorties ne sont pas autorisées, ou durant les heures pendant lesquelles sa présence est obligatoire.

La conséquence d’une absence injustifiée ou d’un refus de se soumettre au contrôle est particulièrement lourde : le versement de la rémunération est interrompu jusqu’à la date de fin de l’arrêt. Et la période pendant laquelle la rémunération est interrompue continue néanmoins à être décomptée dans la durée du congé.

Pour les agents contractuels, le contrôle par un médecin agréé peut également être effectué à tout moment, sous peine d’interruption du versement de la rémunération en cas de refus de s’y soumettre.

Le télécontrôle médical entre dans la Fonction publique

Autre nouveauté : l’examen médical d’un agent en congé de maladie, de longue maladie ou de longue durée pourra désormais être réalisé à distance, au moyen des technologies de l’information et de la communication, dans les conditions prévues par le code de la santé publique.

Cette possibilité de contrôle médical à distance est également étendue à certaines situations de congé pour invalidité temporaire imputable au service (CITIS).

Temps partiel thérapeutique : une procédure profondément revue

Le décret réforme également le temps partiel pour raison thérapeutique (TPT).

Dans le cas général, l’administration devra prendre sa décision dans un délai maximal de 30 jours à compter de la réception de la demande. Lorsque la demande intervient à l’issue d’un CLM, d’un CLD, d’un CITIS ou d’une disponibilité pour raison de santé, la décision devra intervenir au plus tard le jour de la reprise.

L’autorisation pourra être accordée pour une ou plusieurs périodes, dans la limite d’une année.

Le contrôle systématique par un médecin agréé jusqu’alors prévu en cas de prolongation du TPT au-delà d’une durée cumulée de trois mois disparaît. Mais l’administration conserve la possibilité de demander un examen par un médecin agréé dès la demande initiale et, plus largement, à tout moment.

En cas d’absence injustifiée à cet examen demandé lors de l’instruction de la demande, l’agent est considéré comme s’étant désisté de sa demande de temps partiel thérapeutique.

Refus du temps partiel thérapeutique : de nouvelles garanties… mais des voies de recours réduites

Le refus d’une demande initiale ou de renouvellement du TPT, tout comme son interruption à l’initiative de l’administration, devra désormais être motivé.

Lorsque la décision est justifiée par les nécessités de continuité ou de fonctionnement du service, elle doit être précédée d’un entretien avec l’agent, qui peut être assisté par la personne de son choix.

Si le refus ou l’interruption repose sur un motif médical, la décision ne peut intervenir sans avis préalable du médecin agréé.

En parallèle, le décret réduit toutefois certaines possibilités de contestation : le recours au conseil médical supérieur disparaît lorsque l’avis du conseil médical est concordant avec les conclusions du médecin agréé.

Préparer la reprise, la réadaptation ou la reconversion

Le décret comporte également des dispositions destinées à préparer le retour à l’emploi.

Pour une interruption de travail pour raison de santé supérieure à 30 jours, le médecin agréé, en lien avec le médecin traitant, pourra saisir le médecin du travail afin d’étudier les conditions de reprise ou d’envisager des actions de formation. L’agent peut être assisté par une personne de son choix au cours de cette phase.

Sous réserve de l’avis favorable du médecin agréé, un agent en congé de maladie, CLM ou CLD pourra également demander à réaliser ou poursuivre une formation ou un bilan de compétences, notamment afin de favoriser sa réadaptation ou sa reconversion professionnelle. L’administration disposera de 30 jours pour répondre.

Quand ces mesures entrent-elles en vigueur ?

Le décret prévoit plusieurs échéances :

Depuis le 1er août 2026 : les nouvelles dispositions relatives au temps partiel thérapeutique sont applicables.

Depuis le lendemain de la publication du décret : les dispositions permettant le déploiement du télécontrôle sont entrées en vigueur.

À compter du 1er septembre 2026 : les autres dispositions du décret entrent en vigueur.

À compter du 1er janvier 2028 : entreront en application les dispositions relatives à la visite de reprise.

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🔎 DÉCRYPTAGE FO — Malades ou suspects ?

Derrière un texte particulièrement technique, la philosophie générale retenue par le gouvernement est beaucoup moins difficile à décrypter.

Pour FO Fonction publique, ce décret répond avant tout à une commande d’austérité budgétaire. Après la réduction à 90 % de la rémunération durant les trois premiers mois de congé de maladie ordinaire, le gouvernement franchit une nouvelle étape : au lieu de s’attaquer aux causes des arrêts maladie, il renforce le contrôle des agents malades eux-mêmes.

Car que trouve-t-on dans ce texte ?

Davantage de contrôles administratifs, la possibilité de vérifier la présence des agents à leur domicile, le développement du contrôle à distance, l’interruption de la rémunération en cas d’absence injustifiée ou de refus du contrôle et, parallèlement, une réduction de certaines possibilités de recours.

En revanche, rien sur les causes qui conduisent les agents à tomber malades.

Rien sur la dégradation des conditions de travail.

Rien sur l’usure professionnelle.

Rien sur les sous-effectifs et l’intensification des charges de travail.

Rien sur la prévention indispensable des risques professionnels.

Pour FO, le risque est donc clair : faire progressivement glisser la Fonction publique vers une logique de suspicion généralisée dans laquelle l’agent malade devient d’abord un agent suspect.

Cette évolution est d’autant plus préoccupante que le décret associe directement certaines obligations administratives au versement de la rémunération : une absence considérée comme injustifiée lors d’un contrôle peut ainsi conduire à son interruption jusqu’au terme de l’arrêt.

FO Fonction publique défend une tout autre approche : remettre le médical et la prévention au centre du dispositif, garantir pleinement les droits des agents et agir enfin sur les causes réelles de la dégradation de leur santé au travail.

Les agents publics assurent leurs missions dans des conditions souvent dégradées. Ils ont besoin de protection, de prévention et de droits. Pas d’une présomption de culpabilité.

C’est pour ces raisons que FO Fonction Publique a voté contre ce texte, après avoir proposé de nombreux amendements pour en améliorer le contenu au bénéfice des agents.